3500 évvel ezelőtt az 5 kis sziget egybefüggő volt, de akkor bekövetkezett a történelem egyik legnagyobb vulkánkitörése, amely a rendelkezésünkre álló adatok szerint a Mínoszi kultúra hanyatlását okozta, ugyanis a kitörés után hatalmas cunami érte el Kréta part-menti településeit és elpusztította azokat. De ez csak az egyik probléma volt, a másik, sokkal lassabb halált hozott: a vulkáni por és hamu tönkretette a sziget mezőgazdaságát, állattenyésztését, míg végül az egykor virágzó tengeri hatalom teljesen lehanyatlott. A kutatások megállapították, hogy ennek a kultúrának kereskedelmi központja Santorini volt, sőt, ie.2500 körül komoly befolyással bírt az Égei- tengeren.
A számítások és a történelmi adatok szerint a hajdani tűzhányó körülbelül 1500 méter magas lehetett, a kitöréskor mintegy 75 köbkilométernyi (!) anyag repült a levegőbe, melynek vulkáni bombái 160 kilométeres távolságig is elrepültek.
A kaldera belsejében a nagy kitörés óta eltelt kb. 3500 év alatt új vulkán született. A későbbi, természetesen jóval szerényebb méretű kitörések, lávaömlések következtében két kis új sziget, az idős (Paleo) és az új (Nea) Kameni jött létre, mely ma már teljesen elfoglalja a kalderaudvar közepét, s csúcsa a 100 méteres magasságot is meghaladja.
A szigetek egykori lávafolyásai, a kráterekből felszálló forró kénes gőzök, és az időnkénti földrengések egyértelműen jelzik, hogy a területen a vulkáni aktivitás korántsem szűnt meg, akkor sem, ha a történelmi múltban lezajlott hatalmas méretű kitörésre egyhamar nemigen számíthatunk.
A belső vulkánokat hajóval lehet megközelíteni. A turisták felmászhatnak a jelenlegi központi kráterhez, megcsodálhatják a kilátást, szemügyre vehetik a hajdani lávafolyásokat, a kénes kigőzöléseket, fürödhetnek a tenger alatt feltörő meleg források vasas vizében.
Ne felejtsük el, hogy a vulkán ma is aktív, a földrengések gyakoriak a környéken!